Devenu l'Elu, Néo maîtrise mieux les rouages de la Matrice. Mais cette dernière lance une attaque-suicide par le biais de virus, les Virii. Ejecté, Néo se retrouve dans le monde réel, sans pouvoirs. Il doit pourtant retourner au sein de la Matrice, car Morpheus et Trinity ne parviennent pas à contenir les Virii, de plus en plus nombreux...
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